Il supercomputer più potente al mondo e la lotta al coronavirus

20 Marzo 2020 71

Grazie a Summit, il supercomputer più potente al mondo, i ricercatori sono riusciti a individuare ben 77 sostanze chimiche potenzialmente in grado di fermare, o almeno rallentare, l'infezione di cellule ospiti da parte di SARS-CoV-2, il coronavirus che causa la sindrome respiratoria COVID-19 e che ci sta costringendo tutti in casa. È un passaggio molto importante per la creazione di un vaccino efficace e affidabile: ma la strada della ricerca è ancora molto articolata.

Summit è un supercomputer commissionato a IBM dagli Stati Uniti nel 2014. Ha una potenza di calcolo complessiva di 200 PetaFLOP al secondo, anche se al momento il sistema di benchmark Linpack lo posiziona poco sotto ai 150. In ogni caso, sempre lo stesso servizio lo classifica come il supercomputer più potente al mondo - e di gran lunga: il secondo e il terzo classificato, rispettivamente l'IBM Sierra (USA) e il Sunway TaihuLight (Cina), registrano punteggi di 94,6 e 93 PetaFLOP al secondo.

Il sistema è formato da 4.608 nodi di elaborazione, ognuno dei quali comprende 2 CPU IBM Power9 e 6 GPU NVIDIA Tesla, che comunicano l'uno con l'altro a una velocità di 25 Gigabyte per secondo. Nel complesso, il sistema - che è grande più o meno come due campi da tennis, usa quasi 300 km di fibra ottica e pesa 340 tonnellate - può contare su 250 petabyte di capacità di archiviazione.

4.608 di questi nodi in parallelo formano Summit

La macchina è in servizio presso il laboratorio nazionale di Oak Ridge, nel Tennessee, ed è stato pensato proprio per aiutare gli scienziati a "risolvere i grandi problemi del mondo", e si sta usando per importanti progressi nel campo medico. Per esempio, è riuscito a individuare segnali premonitori del morbo di Alzheimer e individuato i geni che rendono il paziente più vulnerabile a dipendenze dagli oppioidi. Ma non solo: è stato usato anche per prevedere eventi climatici estremi analizzando il meteo dei giorni antecedenti.

Il coronavirus, semplificando moltissimo, infetta le cellule di un organismo ospite legandosi chimicamente ad esse e consumandole per replicarsi. Il compito di Summit è stato il seguente: trovare, attraverso innumerevoli simulazioni, quali sostanze impiegabili in un farmaco potrebbero legarsi al virus prima che questo infetti l'ospite. Delle oltre 8.000 sostanze analizzate, il supercomputer ne ha individuate 77, e classificate naturalmente in ordine di probabilità.

Come dicevamo, è uno sviluppo importante perché offre ai ricercatori una direzione precisa, in modo che non debbano fare tentativi alla cieca; tuttavia, i risultati vanno ancora convalidati sul campo. In aggiunta, le elaborazioni del computer si basano su un modello vecchio del virus, risalente a metà gennaio. Il prossimo lavoro sarà quindi ripetere tutte le simulazioni usando il modello più aggiornato e preciso pubblicato negli scorsi giorni.


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Commenti

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RIVOLUZIONE

fico ci va liscio pure windows vista

Kaixon

Ubuntu dovrebbe funzionare in modo fluido...

PassPar2_

La risposta è 42?

Andrea

Ragazzi rilassatevi, gli unici Petaflops che conosco io sono quelli che tiro dopo aver mangiato patate bollite con toma di montagna.....e vi assicuro che di potenza ne sprigionano tanta!!!!

Riccardo sacchetti

Circa 75 Gflops il ryzen 7 1800!

zdnko

Manco un led RGB!

xfoprofeta

Se non monta gli SSD di sony rimane una pippa

fusco8

la cpu cosumer più veloce quanti flops ha? 0.05?

Jacopo Quaresima

Certamente , ma è ciò che faceva folding home su ps3, non conosco il software ,so solo che visualizza in 3d il virus e prova milioni e milioni di volte a far attecchire il farmaco al modello 3d ...

Douglas

va bene ma non si capisce cosa serve stutta sto calcono se non parlano del softwrae che usano dai, la COVID-19 è la malattia il virus si chiama SARS-cov2

B!G Ph4Rm4

E' brutta da vedere ma non è scorretta, io facendo un po' di roba in CUDA e leggendo qualche paper ho incontrato la dicitura completa (estesa intendo), quindi ci può stare.

Certo se avessero scritto petaflops sarebbe stato meglio

Douglas

Scritto da uno come te che non capisce nemmeno le tabelline
https://uploads.disquscdn.c...

Cave Johnson

Non discuto il significato, bensì il termine.

Non credo si tratti di comodità bensì di corretto uso dei termini, o per meglio dire delle unità di misura.

Non pretendo di aver letto tutti gli articoli tecnici sul tema (neanche lontanamente), ma è la prima volta che leggo "FLOP al secondo" e francamente mi pare una castroneria.

B!G Ph4Rm4

Non l'hai mai letto perchè è più comodo scrivere flops, ma semanticamente sono la stessa cosa, e anche sintatticamente, se teraflops vuol dire tera-floating-point-operations-per-seconds capisci che è la stessa identica cosa di scrivere teraflop per seconds?
E' identico sia semanticamente che sintatticamente, stai parlando della stessa cosa.

Cave Johnson

Ma lo leggi anche tu che scrivono sempre e solo "petaflops" e mai "petaflop" senza la "s" di second, sì?

Cioè, non hanno scritto "or 200 petaflop per second". Perché? Semplicemente perché si scrive petaflops.

Boh, io non ho mai visto scritto "flop per second", sempre flops. Come risulta anche dall'articolo in fonte di cui stiamo discutendo.

B!G Ph4Rm4
With a peak performance of 200,000 trillion calculations per second—or 200 petaflops...

Secondo paragrafo, prima riga.

Non voglio fare lo str*, ma ti stai arrampicando sugli specchi :D

Cave Johnson
Anche loro parlano di petaflops

Qualunque fonte "seria" parla di petaflops e non di petaflop per seconds ;)

B!G Ph4Rm4

Per questo hanno scritto "petaflop" (se flop è un'unità, petaflop è un milione di miliardi di unità) al "secondo" :D

Detto questo se non va bene wikipedia (che va benissimo, ci sono tutte le fonti sotto), ti lascio al paper dell'Oak Ridge National Laboratory che al momento ha il più potente supercomputer al mondo. Anche loro parlano di petaflops (con s che sta per "second").

https://www.ornl.gov/news/ornl-launches-summit-supercomputer

Cave Johnson

Va beh, sarà che interpretiamo diversamente quanto scritto lì (e parliamo di Wikipedia, non di un testo scientifico) ma, come ho detto sin dall'inizio FLOPS è un'unità di misura (is a measure of computer performance), mentre non esiste un'unità che si chiami FLOP (The similar term non 'the similar unit') e non si usa per riferirsi alle performance. Deto questo, peace :)

B!G Ph4Rm4

Sì che c'entra, avoja se c'entra.

The similar term FLOP is often used for floating-point operation, for example as a unit of counting floating-point operations carried out by an algorithm or computer hardware.

Guarda che può capitare a tutti di ricordarsi male una cosa, l'altro giorno è capitato anche a me e mi hanno corretto nei commenti.
Ti assicuro che in quel pezzetto non c'è nulla di sbagliato.

Cave Johnson

La frase completa spiega anche in quale contesto, che non c'entra nulla con quello di cui stiamo parlando.

Marble Madness

A dire la verità nel libro di Adams c'è

B!G Ph4Rm4

Sì.

In computing, floating point operations per second (FLOPS, flops or flop/s) is a measure of computer performance, useful in fields of scientific computations that require floating-point calculations.

The similar term FLOP is often used for floating-point operation
Cave Johnson

No.

B!G Ph4Rm4

Quindi converrai che scrivere flops o flop al secondo sia la stessa cosa?

Cave Johnson

Dai, non prendermi in giro per cortesia. Floating point operation per seconds, ovvero FLOPS. Questa è l'unità di misura corretta.

B!G Ph4Rm4

Ovvero?

Cave Johnson

So benissimo cosa significa "FLOPS", lettera per lettera ;)

B!G Ph4Rm4

Ti risulta male, c'è.
E comunque, per cosa credi che stia qualla "s" alla fine di "flops"?

Cave Johnson

FLOPS non è un banale acronimo, bensì un'unità di misura. Come ho scritto sotto, non mi risulta invece un'unità che si chiami "flop".

Jacopo93

Ti ricordo che quel supercomputer, senza nessun uomo che lo programmi, equivale ad un fermacarte da 340 tonnellate.

Quindi si, le intuizioni le possono avere gli uomini, non le macchine. (Le quali sono fatte dagli uomini).

Federico

Avete ragione entrambi.
Per convenzione il FLOP identifica una tipologia di operazione, se viene considerato il numero di operazioni eseguite in una unità di tempo si ottiene una velocità.

B!G Ph4Rm4

Non sbagli è corretto.

B!G Ph4Rm4

flop sta per "floating point operation", peta flop indica "un milione di miliardi di floating point operation".
Non è un errore hanno scritto bene.

Andhaka

Il problema è che non abbiamo ancora trovato la domanda. ;)

Cheers

B!G Ph4Rm4

Dove l'avrebbe trovata la cura?
Non fate disinformazione anche su quest'argomento.

Jacopo Quaresima

Il computer analizza chimicamente le sostanze e a livello molecolare il virus, per fare un paragone blando, non essendo comunque un virologo, ogni virus ha un proprio metodo di "aggancio" alle cellule ospite, immaginiamo che sia ricoperto di piccoli uncini e nel passaggio da animale a uomo, il virus trovi esattamente la dimensione,forma e spessore dell'uncino per agganicarsi alle nostre cellule , il computer analizzerà quell'uncino e "l'occhiello" delle nostre cellule, cercando di trovare un farmaco che blocci l'aggancio, ecco cosa fa il computer.
Ed è vero che non esiste un vaccino per la SARS , ma è anche vero che economicamente non frega a nessuno, è un virus che è durato poco, non ha girato il mondo come questo e non ha creato danni all'economia come il COVID-19, ergo alle aziende farmaceutiche frega ben poco, stessa cosa per la MERS.

da wikipedia inglese:

In computing, floating point operations per second (FLOPS, flops or flop/s

sbaglierò ma per me è corretto come hanno scritto, essendo l'ultima lettera una mera unità di tempo

Cave Johnson

Se esistesse l'unità di misura "flop" avresti anche ragione. Sarebbe come "km all'ora" e "km/h".

Solo che, mentre l'unità "km" esiste", l'unità "flop" non esiste.

dire 10 petaflops, o 10 petaflop per secondo è la stessa cosa.
infatti la sigla completa vuol dire FLoating point Operations Per Second.

anche in inglese si usa spesso senza la s finale.

Cave Johnson

Non esiste un'unità di misura che si chiami FLOP.

dove sarebbe l'errore?
mi sono perso

Scusali, forse il primo era già occupato. :D

Cave Johnson

Le memorie non hanno il frame!
E sono senza led, che come tutti sanno bene, fa andare più veloce! :P

SteveAnneps

..ed è stato pensato proprio per aiutare gli scienziati a "risolvere i grandi problemi del mondo"
già lo sappiamo "La risposta è 42"

Federico

Buono per il nuovo Flight Simulator di Microsoft.

Garrett

Quando lo colleghiamo a una rete neurale?

Moveon0783 (rhak)

“Ha troppe cornici SKAFFALEH” è già stato detto?

Andredory

Eh?

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